拥有超强推理能力的小Q（神木隆之介 饰）在侦探学园学习，梦想是成为一名侦探。与他有相同志向的同学还有，美南惠（志田未来 饰）：拥有过目不忘的能力；天草流（山田凉介 饰）：推理天才，但身份成谜，背后影藏着秘密；鸣泽数马（若叶克实 饰）：电脑高手，收集情报能力强；远山金太郎（要润 饰）：运动强人，热血少年。侦探学园的五人组各自发挥自己的长处密切配合，联手解决了城里不少案件，破了不少谜团，而流背后的故事也随着案件的加深被一一道出。本剧根据佐藤文也的同名漫画改编，而漫画则改编自天树征丸的小说。二人之前还合作过大人气作品《金田一少年之事件簿》。
Q在秋叶原的街道上碰到了背着一个旅行包的流。面对Q忍不住的关心，流却只是冷淡地回答一句想要一个人静一静就离开了。预感会有什么大事发生的Q唤住了流，并希望能帮帮他也遭到了拒绝。Q只能妥协希望流不要再…
流离开了侦探学园，和冥王星的决战在即，话题围绕到了团校长的助手连城晓身上，小惠则在看着一张古旧的照片。 那张照片是团校长和连城一起拍的，看到连城的一瞬间Q的表情瞬间僵硬。因为他就是当年把Q从绑…
