末日孤舰第二季剧情主要讲述了Chandler舰长和他的团队如何营救人民。 惊人的事实曝光后,Chandler舰长和他的团队在巴尔的摩知晓了这个国家的命运,以及他们自己的命运。末日孤舰第二季剧照 尽管他们遭遇了严重挫折,但他们还是决定与一个地下抵抗组织联合起来击败所谓的总统Amy Granderson(她命令马里兰州警控制了内森-詹姆斯号和病毒的原始样本,她还决定只用解药治疗「有用之人」,从而建立一个「完美的社会」)。 解药的剂量已经很少,仍然被囚禁在Avocet的Rachel试图尽其所能为患病者做些善事。与此同时,Slattery和内森-詹姆斯号的船员必须争分夺秒营救Tophet并重新夺回战舰的控制权,他们要确保每一个人都获得解药——无论是否「有用之人」。
总统通过广播号召全国人民到达临近的港口接受治愈传染的药物,并公布了詹姆斯号未来几天具体的停泊位置。民众得知这一消息大受鼓舞,但船员们却为詹姆斯号的安危表示担忧。
舰长下令不等拉姆齐先发制人,要与他们决一死战。舰长计划让总统先生与最具经验的船员一起登陆。总统先生作为最高统帅,当然不同意这样的安排,可他也别无选择。